Instytut Filozofii Uniwersytetu Jagiellońskiego w obecnym kształcie powstał w 1967 roku w wyniku połączenia Katedry Filozofii, Katedry Historii Filozofii, Katedry Logiki i Katedry Filozofii Przyrody.

Obecnie Instytut Filozofii składa się z jedenastu zakładów i jednej pracowni. W instytucie uprawiane są wszystkie podstawowe dyscypliny filozoficzne: ontologia, epistemologia, aksjologia, etyka, estetyka, filozofia kultury, filozofia nauk przyrodniczych, historia filozofii od starożytności do współczesności, filozofia polityczna i jej historia, logika formalna, logika filozoficzna, kognitywistyka, historia logiki, filozofia polska, filozofia rosyjska i filozofia Wschodu, a także pogranicza filozofii i nauk szczegółowych.