Instytut Archeologii Uniwersytetu Jagiellońskiego to najstarsza uniwersytecka placówka archeologiczna w Polsce. Od 1863 roku nieprzerwanie prowadzi działalność badawczą, dydaktyczną i popularyzatorską. Z jego murów wyszło grono znakomitych i cenionych w świecie badaczy i nauczycieli akademickich. Obecnie instytut prowadzi szereg prac wykopaliskowych w Polsce oraz poza jej granicami i kształci ponad 450 studentów w zakresie archeologii i dziejów cywilizacji starożytnych świata.

Zakład Archeologii Nowego Świata jest najnowszą placówką naukowo-dydaktyczną Instytutu Archeologii UJ, choć tradycja badań nad archeologią Nowego Świata w Krakowie i Instytucie Archeologii UJ sięga jeszcze lat siedemdziesiątych. W tym okresie rozpoczęły się systematyczne ekspedycje na teren Andów Peruwiańskich pod kierunkiem Andrzeja Krzanowskiego (obecnie kierownika Zakładu Ameryki Łacińskiej w UJ) oraz badania wykopaliskowe kultur preceramicznych na Kubie i Santo Domingo (Janusz K. Kozłowski). Efektem tych badań było opublikowanie wielu monografii i raportów z prospekcji terenowych i badań wykopaliskowych (m.in. w basenie Alto Chicama w Peru - A. Krzanowski, 1984, 2006) oraz prac syntetycznych (synteza preceramicznych kultur basenu Morza Karaibskiego - J. K. Kozłowski, 1974, do dziś podstawowa praca dotycząca pierwszego osadnictwa na Antylach). Zakład Archeologii Nowego Świata współpracuje z Polską Akademią Umiejętności uczestnicząc w międzynarodowym projekcie Union Academique Internationale: Corpus Antiquitatum Americanensium, dotyczącym opublikowania kolekcji prekolumbijskich zabytków z muzeów całego świata. Wyniki badań i opracowań realizowanych w Zakładzie Archeologii Nowego Świata są publikowane m.in. w wydawanej przez UJ, wspólnie z PAU, serii Contributions in New Word Archaeology (poprzednio Polish Contributions in New Word Archaeology).