Misją Pedagogium Wyższej Szkoły Nauk Społecznych w Warszawie jest profesjonalne kształcenie specjalistów na różnych poziomach edukacji wyższej w zakresie pracy naukowo-badawczej, edukacyjno-opiekuńczej, specjalistyczno-logopedycznej, opiekuńczo-wychowawczej, profilaktycznej, resocjalizacyjnej, socjalnej, w zakresie bezpieczeństwa publicznego, oraz wdrażanie w życie naukowe, edukacyjne i społeczne idei twórczej resocjalizacji. Idea ta polega na metodycznym rozpoznawaniu i rozwijaniu potencjałów oraz talentów tkwiących w osobach nieprzystosowanych społecznie, osobach wykluczonych społecznie i kulturowo oraz innych jednostkach nie potrafiących samodzielnie rozwiązywać swoich problemów egzystencjalnych, w celu stymulowania ich przemiany tożsamościowej, umożliwiającej im kreatywne społecznie funkcjonowanie.

Pedagogium jest jedyną w Polsce szkołą wyższą samodzielnie zajmującą się powyższą problematyką (w innych uczelniach publicznych i niepublicznych istnieją wydziały, instytuty, zakłady, katedry i inne komórki organizacyjne prowadzące kształcenie w tym zakresie). Żadna jednak w Polsce uczelnia nie wdraża w życie dydaktyczne, naukowe, oraz do praktyki pedagogicznej wspomnianej na wstępie koncepcji twórczej resocjalizacji. Uczelnia ściśle współdziała z powołaną przez nią Fundacją Pedagogium, która na co dzień prowadzi aktywną działalność edukacyjną, profilaktyczną i kulturalną.

Misją Uczelni jest również prowadzenie badań naukowych związanych z powyższą problematyką, formułowanie rekomendacji teoretycznych i metodycznych a także umożliwiane młodym adeptom nauk społecznych uzyskiwanie stopnia naukowego w dyscyplinie pedagogika.

Bazą merytoryczną Uczelni jest wieloletni dorobek teoretyczny i praktyczny światowej i polskiej naukowej refleksji resocjalizacyjnej, a pracujący w niej nauczyciele akademiccy są uczniami wybitnych twórców pedagogiki resocjalizacyjnej oraz pedagogiki społecznej. Refleksje towarzyszące kreowaniu istoty edukacyjnej Uczelni wiążą się z próbą łączenia tradycji światowej i polskiej nauki w zakresie profilaktyki i resocjalizacji, pedagogiki społecznej, pracy socjalnej i nauk z zakresu bezpieczeństwa indywidualnego i zbiorowego, z najnowszymi teoretycznymi osiągnięciami w tym zakresie.