Wydawnictwo Wyższego Seminarium Duchownego "Bernardinum" zostało powołane w kwietniu 1993 roku na mocy dekretu biskupa diecezjalnego, Jana Bernarda Szlagi. Jest ono kontynuacją pracy Zakładu Małej Poligrafii, założonego w 1979 roku z inicjatywy ówczesnego rektora WSD, ks. dr hab. Jerzego Buxakowskiego. Drukowano w nim przede wszystkim seminaryjne podręczniki oraz lekturę pomocniczą dla studiujących alumnów. Od momentu ustanowienia Wydawnictwa "Bernardinum" rozpoczął się dynamiczny rozwój tego zakładu. Drukarnia wydawnictwa seminaryjnego drukowała nie tylko książki, ale również czasopisma o zasięgu ogólnokrajowym, takie jak: "Gitara i bas", "Muzyczna gazeta reklamowa" czy "List do Pani". Nigdy nie zapominano też o macierzystej uczelni, dla której wydawane były m.in.: rocznik naukowy "Studia Pelplińskie" oraz kleryckie pismo "Spojrzenia".

Druga pelplińska oficyna - Wydawnictwo Diecezjalne - powstało 15 kwietnia 1987 roku, kiedy to ówczesny biskup chełmiński, Marian Przykucki, powołał Zakład Poligraficzny Diecezji Chełmińskiej i Wydawnictwo Kurii Biskupiej Chełmińskiej. Na dziesięcioletni dorobek Wydawnictwa Diecezjalnego złożyły się 52 publikacje książkowe, z czego połowę stanowiły pozycje o treści ściśle religijno-liturgicznej. Pozostałe związane były z historią, historią sztuki, socjologią czy pedagogiką - zawsze powiązane jednak z dziejami Kościoła.

Z dniem 1 stycznia 1998 roku, w wyniku wydanego dekretu Biskupa Pelplińskiego, powstała nowa oficyna - Wydawnictwo Diecezji Pelplińskiej "Bernardinum", stanowiące efekt połączenia Wydawnictwa Diecezjalnego z Wydawnictwem Wyższego Seminarium Duchownego "Bernardinum".