Włocławskie Wydawnictwo Diecezjalne nawiązuje do działających przed II wojną światową Zakładów Diecezjalnych, które tworzyły Drukarnia Diecezjalna i Księgarnia Powszechna. Drukarnia Diecezjalna została założona w 1906 r. (poświęcona 4 listopada), Księgarnia Powszechna w trzy lata później – w 1909 r. Do ich zlikwidowania doprowadziły władze komunistyczne po II wojnie światowej. Już 27 II 1947 r. zarządzeniem kierownika Ministerstwa Informacji i Propagan­dy wśród przedsiębiorstw zagarniętych przez państwo znalazła się Drukarnia Diecezjalna i Księgarnia Powszechna. Kuria Diecezjalna odwołała się od tej decyzji, powołując się na postanowienia Konsty­tucji z 1921 r. (wtedy jeszcze obowiązującej), gwarantującej nietykal­ność majątkowi Kościoła. 14 V 1949 r. tym razem zarządzenie Ministerstwa Przemysłu Lekkiego oddawało Księgarnię Powszechną i Drukarnię Diecezjalną w zarząd państwowy. Ponowne odwołanie się Kurii Die­cezjalnej od tej decyzji dało ten skutek, że spod upaństwowienia wyjęto Księgarnię. Natomiast Drukarnia Diecezjalna do końca tego roku działała pod zarządem państwowym, a od początku 1950 r. stała się zakładem państwowym – Toruńskie Zakłady Graficzne, Oddział Nr 2 – Włocławek. Z kolei zakład ten został filią Bydgosz­czy, potem Wąbrzeźna, aby wreszcie powrócić pod skrzydła Torunia, który w 1992 r. sprzedał ją nabywcom prywatnym (obecnie Drukarnia „Expol”).

Księgarnia Powszechna „przeżyła” Drukarnię Diecezjalną o 13 lat. Najpierw władze komunistyczne starały się zniszczyć finansowo Księgarnię, uniemożliwiając je zakup potrzebnych materiałów handlowych i nakładając wygórowane podatki. Gdy te metody okazały się nieskuteczne, odmówiły jej pozwolenia na dalszą działalność. Decyzja była tak kategoryczna, że nawet potężny wówczas i cieszący się poparciem państwa „Veritas”, który chciał przejąć lokal i w tym miejscu otworzyć własną księgarnię, nic nie wskórał, chociaż Kuria Diecezjalna – nie widząc innej możliwości ratowania księgarni katolickiej we Włocławku – na to się godziła. Księgarnię trzeba było zlikwidować (1962 r.), a lokal wydzierżawić „sąsiadującym” zakładom drukarskim, które go adaptowały na introligatornię i zecernię.

Zakłady Diecezjalne prowadziły także działalność wydawniczą. Do czasu powstania Księgarni Powszechnej zajmowała się tym – obok swej zasadniczej funkcji – Drukarnia Diecezjalna. Gdy powstała Księgarnia Powszechna, ona zasadniczo – obok handlu – przejęła funkcje wy­dawnicze, a Drukarnia pozostała przede wszystkim firmą usługową w stosunku do niej. Tak trwało do czasu połączenia Drukarni Diecezjalnej i Księgarni Powszechnej w jedną firmę pod nazwą: „Księgarnia Powszechna i Drukarnia Diecezjalna” (zwaną też nieraz „Zakładami Diecezjalnymi”), która wydawała włas­ne książki i czasopisma, drukowała własne i cudze nakłady oraz pro­wadziła sprzedaż własnych i cudzych druków.

W 1989 r. (19 marca) ówczesny biskup włocławski Henryk Muszyński wydał dwa dekrety, poprzez które – korzystając z możliwości, jakie stworzyła ustawa o działalności gospodarczej z dn. 1 I 1989 r. (Dz. U. Nr 41 z 28 XII 1988 poz. 342) – wznowił działalność wydawniczą dawnych Zakładów Diecezjalnych, powołując do tego dwie odrębne instytucje: 1. Diecezjalne Wydawnictwo (L.dz. 296/1989/Ord.), z tymczasową siedzibą w Kurii Diecezjalnej przy ul. Gdańskiej 2/4. Otrzymało ono własny statut datowany 14 stycznia 1993 r. 2. Diecezjalną Księgarnię (L.dz. 297/1989/Ord.), z siedzibą przy ul. Gdańskiej 10. W praktyce jej nazwa przyjęła się w formie „Księgarnia Diecezjalna”. Dyrektorem obydwu instytucji zastał mianowany w tym samym dniu ks. dr Wojciech Hanc. Siedziba Księgarni została przeniesiona w 1991 r. W czerwcu na ul. Brzeską 4 do odzyskanej w tym czasie części budynku po dawnej Księgarni Powszechnej. W ten sposób Księgarnia Diecezjalna wróciła na dawne swe miejsce i funkcjonuje tu do dnia dzisiejszego.

W 1992 r. siedziba Włocławskiego Wydawnictwa Diecezjalnego została przeniesiona do pomieszczeń przy Pl. Kopernika 2, gdzie znajduje się do dnia dzisiejszego. Istotna reorganizacja nastąpiła w 2000 r. (dekret biskupa włocławskiego B. Dembowskiego z dn. 9 XII 2000; L.dz. 2582/2000), kiedy to została usankcjonowana nazwa Wydawnictwa, która przyjęła się powszechnie: Włocławskie Wydawnictwo Diecezjalne. Do Włocławskiego Wydawnictwa Diecezjalnego zostały włączone dwie dotychczas samodzielne instytucje: Księgarnia Diecezjalna i wydawnictwo „Ateneum Kapłańskiego”. W tym czasie wystąpiono także o nadanie Wydawnictwu osobowości prawnej.

W 2004 r. Dyrektorem Włocławskiego Wydawnictwa Włocławskiego został mianowany przez bp Wiesława Alojzego Meringa ks. dr Waldemar Karasiński.